Die Arbeitsgruppen des UniGR-CBS beschäftigen sich mit Grenzraumfragen, die sich in die Themenschwerpunkte des grenzüberschreitenden Wissenschaftsnetzwerks einschreiben. Jede Arbeitsgruppe zählt Mitglieder aus mehreren UniGR-Universitäten, die gemeinsam Projekte und Aktivitäten entwickeln und umsetzen. Die Arbeitsgruppen können von UniGR-CBS-Wissenschaftler:innen jederzeit eingerichtet, aber auch aufgelöst werden. Derzeit arbeiten folgende Arbeitsgruppen im Rahmen des UniGR-CBS:
