Les groupes de travail de l'UniGR-CBS travaillent sur des questions de zones frontalières qui s'inscrivent dans les axes thématiques du réseau scientifique transfrontalier. Chaque groupe de travail comporte des membres de plusieurs universités de l'UniGR qui développent et mettent en œuvre conjointement des projets et des activités. Les groupes de travail peuvent être composés mais aussi dissous à tout moment par des chercheur.s.es l'UniGR-CBS. Actuellement, les groupes de travail suivants travaillent dans le cadre de l'UniGR-CBS:
